PCR的(de)(de)(de)特(te)異性(xing)、效率(lv)和忠實性(xing)是體現一個(ge)PCR實驗的(de)(de)(de)質量(liang)(liang)的(de)(de)(de)三個(ge)重要指標(biao)。特(te)異指一個(ge)PCR反應只產(chan)生(sheng)一個(ge)擴增(zeng)產(chan)物(wu)，即(ji)預期的(de)(de)(de)靶(ba)序列。效率(lv)指每個(ge)循環里擴增(zeng)的(de)(de)(de)實際產(chan)物(wu)的(de)(de)(de)量(liang)(liang)與理論上應該(gai)達(da)到(dao)的(de)(de)(de)量(liang)(liang)的(de)(de)(de)接近(jin)程度。忠實是指在PCR反應過程中，由(you)DNA聚合酶誘導的(de)(de)(de)錯配是可以(yi)忽略不計的(de)(de)(de)。

　　這三個參數中的(de)每一(yi)個都(dou)受到(dao)PCR反(fan)應中眾多(duo)(duo)成分(fen)(fen)的(de)影響，包括緩(huan)沖體系(xi)、酶(mei)、模板(ban)甚至(zhi)PCR循環(huan)程(cheng)序(xu)，但(dan)遺憾的(de)是，高特異性(xing)(xing)的(de)反(fan)應條件與高產量的(de)反(fan)應條件并不(bu)一(yi)致(zhi)，同時(shi)高保真也(ye)往往導致(zhi)低(di)產率。因此在(zai)設(she)計(ji)PCR實(shi)驗時(shi)，要(yao)根據實(shi)驗目的(de)，有針對性(xing)(xing)地對這三個參數有側重地優化。如在(zai)片(pian)段長度多(duo)(duo)態性(xing)(xing)分(fen)(fen)析(xi)時(shi)，PCR產物的(de)產量和特異性(xing)(xing)就比忠實(shi)性(xing)(xing)重要(yao);而若是研究個別(bie)DNA分(fen)(fen)子或稀有突(tu)變，忠實(shi)性(xing)(xing)的(de)重要(yao)性(xing)(xing)不(bu)言(yan)而喻。

　　特異性是PCR的基(ji)礎，它首先取決于(yu)引(yin)物(wu)設計與(yu)(yu)(yu)模板的互補(bu)。一套理想的引(yin)物(wu)能有效(xiao)地與(yu)(yu)(yu)靶(ba)序列(lie)雜交，而與(yu)(yu)(yu)模板中出(chu)現(xian)的其它序列(lie)的雜交可(ke)以忽略不計。一般引(yin)物(wu)與(yu)(yu)(yu)模板中非靶(ba)序列(lie)發生4個或更少連續堿基(ji)互補(bu)都不會在電泳時體現(xian)出(chu)來。

　　PCR反應的(de)(de)(de)效(xiao)率(lv)影響特(te)異(yi)性產物的(de)(de)(de)積(ji)累(lei)，根據Chien等人給出的(de)(de)(de)靶序列的(de)(de)(de)累(lei)積(ji)與循(xun)環(huan)數(shu)(shu)的(de)(de)(de)函數(shu)(shu)關(guan)系，擴(kuo)增效(xiao)率(lv)高的(de)(de)(de)時(shi)期為29個循(xun)環(huan)之前(qian)的(de)(de)(de)指(zhi)數(shu)(shu)增，之后每次循(xun)環(huan)的(de)(de)(de)效(xiao)率(lv)就開始大(da)大(da)降低，產物停止指(zhi)數(shu)(shu)積(ji)累(lei)，此時(shi)理論上靶序列的(de)(de)(de)拷(kao)貝數(shu)(shu)已達(da)到1012，而(er)1012拷(kao)貝的(de)(de)(de)特(te)定(ding)序列對(dui)于絕大(da)多(duo)數(shu)(shu)分子生物學(xue)實驗已滿足(zu)要(yao)求，且PCR的(de)(de)(de)許多(duo)應用尤其是定(ding)量實驗都要(yao)求擴(kuo)增在(zai)指(zhi)數(shu)(shu)生完成(cheng)，因此，一般PCR反應都在(zai)29個循(xun)環(huan)之前(qian)取出，沒有必要(yao)再增加循(xun)環(huan)數(shu)(shu)。

　　PCR反(fan)應的(de)(de)(de)(de)忠實性(xing)主要(yao)(yao)與酶(mei)(mei)有關，雖(sui)然可(ke)以通過改變反(fan)應緩沖液的(de)(de)(de)(de)條件大(da)大(da)提高(gao)忠實性(xing)，但(dan)是(shi)也遠比(bi)不上更換高(gao)保真的(de)(de)(de)(de)聚合酶(mei)(mei)的(de)(de)(de)(de)效果(guo)。聚合酶(mei)(mei)的(de)(de)(de)(de)高(gao)保真能(neng)力體現在其擁有3’→5’的(de)(de)(de)(de)外切酶(mei)(mei)校正(zheng)活(huo)性(xing)。需要(yao)(yao)指出的(de)(de)(de)(de)是(shi)，不論(lun)是(shi)否使用高(gao)保真的(de)(de)(de)(de)聚合酶(mei)(mei)，PCR的(de)(de)(de)(de)過程都有可(ke)能(neng)有錯誤堿(jian)基滲入，因(yin)此在對忠實性(xing)有要(yao)(yao)求的(de)(de)(de)(de)實驗(yan)(yan)中，經PCR得到的(de)(de)(de)(de)序列必須測序驗(yan)(yan)證。